A extensão universitária tem ampliado seu campo de atuação junto ao Ensino e à Pesquisa nas instituições públicas e privadas. Com a finalidade de avaliar os pressupostos e metodologias na tríade ensino-pesquisa-extensão, esse relato de experiência teve como objetivo fazer uma reflexão sobre nossa didática como extensionistas na relação professor-aluno, frente a um projeto de extensão voltado ao ensino do câncer para alunos da rede pública de ensino ao utilizar o Problem Based Learning (PBL) como metodologia ativa no processo de ensino-aprendizagem. Este projeto foi executado através do programa educacional Casa da Ciência da Fundação Hemocentro de Ribeirão Preto, o Pequeno Cientista, em parceria com a Faculdade de Medicina de Ribeirão Preto da Universidade de São Paulo. A construção da prática pedagógica, a aproximação do aluno professor e o desenvolvimento da autonomia e criticidade dos alunos foram relatadas. Concluímos que a extensão universitária e as metodologias ativas de ensino são alicerces fundamentais para o ensino de Ciências, sendo ferramentas fundamentais para auxiliar a atuação do professorado.